在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染、天然基因組DNA的污染、試劑的污染以及標本間的污染等。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時繁瑣，還浪費人力物力。要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
（1）各個實驗區域設置合理。
（2）各個實驗區域要有明顯的標記（如醒目的門牌或不同的地面顏色等），以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。
（5）PCR專用通道（走廊）應安裝潔凈洗手池、緊急噴淋裝置、洗眼器，水龍頭應為感應式、肘開式或腳踏式，而非手動開關。
